Kantor Imigrasi Kelas I TPI Tanjung Priok dibentuk pada tahun 1983 dan masih merupakan Kantor Imigrasi Kelas II Tanjung Priok. Dengan diterbitkannya Surat Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.02.PR.07.04 Tahun 1983 Tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Imigrasi di Lingkungan Kantor Wilayah Departemen Kehakiman dan Hak Asasi Manusia DKI Jakarta, wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas II Tanjung Priok adalah meliputi Pelabuhan Tanjung Priok dan Kecamatan Kepulauan Seribu.

Pada tanggal 27 Oktober 1987 Kantor Imigrasi Kelas I Tanjung Priok diresmikan, kemudian berdasarkan Keputusan Menteri Kehakiman Republik Indonesia Nomor : M.03.PR.07.04 Tahun 1991 tanggal 15 April 1991 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Imigrasi, Kantor Imigrasi Kelas II Tanjung Priok ditingkatkan klasifikasi Kantor Imigrasinya menjadi Kantor Imigrasi Kelas I dengan wilayah kerja meliputi Pelabuhan Tanjung Priok dan Wilayah Administratif Jakarta Utara. Selanjutnya dengan diterbitkannya Keputusan Menteri Kehakiman RI Nomor : M.05-PR.07.04 Tahun 2002 tanggal 25 September 2002 tentang Pembentukan Kantor Imigrasi Bukit Tinggi, Jakarta Utara, Sukabumi, Karawang, Tasikmalaya, Pemalang, Wonosobo, Pati, Madiun, Blitar, Singaraja, Sumbawa Besar, Serang dan Gorontalo, menetapkan bahwa mengeluarkan wilayah kerja kota Jakarta Utara dari Kantor Imigrasi Kelas I Tanjung Priok, sehingga wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas I Tanjung Priok menjadi meliputi Wilayah Kerja Administrasi Pelabuhan Tanjung Priok dan Kabupaten Kepulauan Seribu.

Sehingga sejak tanggal ditetapkannya Keputusan Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor : M.05-PR.07.04 Tahun 2002 tersebut diatas, yaitu sejak tanggal 25 September 2002 Wilayah Kerja Kantor Imigrasi Kelas I Tanjung Priok menjadi Wilayah Administrasi Pelabuhan Tanjung Priok dan Kabupaten Kepulauan Seribu. Kemudian melalui Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Nomor : M.HH-02.OT.01.03 Tahun 2020 tentang Perubahan Nomenklatur dan Wilayah Kerja Kantor Imigrasi yang berlaku efektif tanggal 1 Juli 2020 menetapkan perubahan wilayah kerja Kantor Imigrasi Kelas I TPI Tanjung Priok menjadi Pelabuhan Tanjung Priok, Kabupaten Kepulauan Seribu, serta dua kecamatan di wilayah Kota Jakarta Utara, yaitu Kecamatan Koja dan Tanjung Priok 3 Saat ini Kantor Imigrasi Kelas I TPI Tanjung Priok beralamat di Jl. Melati No. 124 A, Rawabadak Utara, Koja, Jakarta Utara No.514